常遇到菌落PCR試劑盒問題疑難解答
瀏覽次數:714發布日期:2021-03-19
菌落
PCR試劑盒是篩選重組子的有效方法,可以使質粒鑒定過程從兩天縮短到幾小時。但由于它直接以E.coli菌落為PCR而菌落中常常含有未進入細菌的、來源于連接反應的載體DNA和插入片段,所以十分容易產生假陽性。
菌落PCR試劑盒常遇到的疑難解答:
Q:樣品沒有擴增產物而陽性對照有產物出現。
A:可能是樣品DNA溶液中含有的細胞裂解物抑制了PCR擴增。建議將樣品DNA溶液用水稀釋5-100倍后再擴增(兩個梯度)。
Q:樣品和陽性對照都沒有擴增產物出現。
A:重新設計PCR反應參數或引物。
Q:陽性對照有大小不同的兩條擴增產物出現。
A:如果用戶自備的引物一條識別載體,一條識別插入片段,模板又是連接反應液,則出現此情況屬于正常,因為兩種插入方向的DNA在連接反應液里面都存在。
Q:菌落PCR試劑盒陰性對照有擴增產物出現。
A:如果是引物二聚體,實驗結果有效。如果片段跟陽性對照一樣,可能有污染,其他陽性結果也可能是污染引起,建議找到污染原因后再繼續實驗。
Q:一個普通菌落中一般有多少殘留的未轉化的DNA?
A:如果使用100ng的插入片段進行連接反應,用1/10的連接反應液進行轉化,再用1/10的轉化菌液涂盤,有一半插入片段進入細菌計算,則有0.5ng的插入DNA片段游離在細胞外,分布培養皿表面。一個培養皿的表面積一般為55cm2,一個直徑為5mm的菌落(面積約0.2mm2)則平均可能含有3pg左右的游離狀的插入DNA片段,如果使用插入片段專一性的PCR引物,則足夠在PCR反應中產生假陽性。